Năm 2011, Lê Văn Đại gia nhập đội bóng đá trẻ Thanh Hóa.

Năm 2012, được HLV Triệu Quang Hà đưa lên tập cùng đội 1 từ khi mới còn 16 tuổi. Mùa giải V-League 2016, Văn Đại mới được câu lạc bộ bóng đá FLC Thanh hóa đăng ký vào danh sách thi đấu.

Sau giai đoạn lượt đi không được ra sân, Văn Đại được câu lạc bộ bóng đá Đồng Nai mượn thi đấu ở giải hạng Nhất 2016. Từ đây, anh được các huấn luyện viên để ý, điền tên vào danh sách ĐT U21 Việt Nam tham dự giải U21 quốc tế.